สาขาวิชาสัตวแพทยศาสตร์ คณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ มีพัฒนาการด้านโครงสร้างการบริหารสอดคล้องกับนโยบายการปรับระบบการบริหารจัดการของมหาวิทยาลัย โดยในอดีต การจัดการเรียนการสอนด้านสัตวแพทยศาสตร์แบ่งออกเป็น 2 ภาควิชา ได้แก่ ภาควิชาพรีคลินิก และภาควิชาคลินิก ต่อมา มหาวิทยาลัยได้ปรับรูปแบบการบริหารจากระบบภาควิชาเป็นระบบสาขาวิชา เพื่อเพิ่มความคล่องตัวในการบริหารจัดการและบูรณาการภารกิจด้านวิชาการอย่างมีประสิทธิภาพ คณะสัตวแพทยศาสตร์จึงได้ปรับโครงสร้างองค์กรและรวมการดำเนินงานเป็น สาขาวิชาสัตวแพทยศาสตร์ เพียงสาขาเดียว

สาขาวิชาสัตวแพทยศาสตร์มีบทบาทสำคัญในการบริหารจัดการการเรียนการสอน การผลิตบัณฑิตที่มีคุณภาพและมีสมรรถนะสอดคล้องกับความต้องการของสังคม ตลอดจนการส่งเสริมงานวิจัย งานวิชาการเฉพาะทาง และการพัฒนาผลลัพธ์การเรียนรู้ตามวัตถุประสงค์เชิงกลยุทธ์ขององค์กร (Strategic Objectives: SO) ควบคู่กับการพัฒนาบุคลากรให้มีมาตรฐานตามวิชาชีพสัตวแพทย์ และการบริหารจัดการทรัพยากรภายในอย่างเหมาะสม เพื่อสนับสนุนการดำเนินงานด้านวิชาการให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด

ปัจจุบัน สาขาวิชาสัตวแพทยศาสตร์แบ่งโครงสร้างการบริหารงานภายในออกเป็น 3 กลุ่มวิชา ได้แก่

1. กลุ่มวิชาพรีคลินิก
2. กลุ่มวิชาพาราคลินิก
3. กลุ่มวิชาคลินิก

ซึ่งเอื้อต่อการจัดการเรียนการสอน การวิจัย และการบริการวิชาการอย่างเป็นระบบและเชื่อมโยงกัน

จุดเด่นสำคัญของสาขาวิชาสัตวแพทยศาสตร์ คือการสนับสนุนและพัฒนาศักยภาพของนักศึกษาให้มีความพร้อมในการประกอบวิชาชีพ โดยสาขาวิชาฯ เป็นหนึ่งใน ห้าสถาบันของประเทศที่มีสัดส่วนนักศึกษาสอบผ่านใบอนุญาตประกอบวิชาชีพสัตวแพทย์สูงที่สุด จากทั้งหมด 12 สถาบัน ซึ่งสะท้อนถึงคุณภาพการจัดการเรียนการสอนและมาตรฐานบัณฑิตของสาขาวิชา